《内经》主张"天人合一"，其具体表现为"天人相应"。《内经》反复强调人"与天地相应，与四时相副，人参天地"（《灵枢·刺节真邪》），"人与天地相参也"（《灵枢·岁露》、《灵枢·经水》），"与天地如一"（《素问·脉要精微论》）。认为作为独立于人的精神意识之外的客观存在的"天"与作为具有精神意识主体的"人"有着统一的本原、属性、结构和规律。因此，《内经》的天人合一观是《黄帝内经》天道观的目的所在。
　　《内经》"天人相应"学说，可以从两方面来探讨：一是从大的生态环境，即天地（大宇宙）的本质与现象来看"天人合一"的内涵；一是从生命（小宇宙）的本质与现象来看"天人合一"的内涵。
一、"天人合一"的天文学内涵
　　1、 天地对应
　　中国古代天文学是指以地球为参照物的天体运动学，即天体是地球的扩大，或地球是天体的缩小。古代天文学认为天球的南北极所形成的天轴与地球南北极所形成的地轴处在同一条直线上，其轴与公转轨道所形成的夹角均成66.5度，即无论地球运行到公转轨道上的那一个点，地轴与黄道平面的倾斜方向始终保持不变，北极总是指向北极星附近。这是天地感应的最本质的表现。
　　而且，此理论也得到现代天文学和磁力学理论的支持，现代天文学和磁力学理论认为：天体是一个巨大的磁体，天轴南北两极是南北磁极；地球居天体之间，是一小磁体。地球南北两极也是南北磁极，分别与天体两大磁极发生磁感应，所以天地的轴心倾向相同，在一条直线上，这便是天地感应最根本的内涵之一。[1]《黄帝内经》所述五运六气的种种感应之道，统统建立在这个感应性上。这种感应性或磁力，都属于无形的能，在中医名之曰"气"。
　　2、 天地气交
　　天地气交的实质是天地人本源于一气，天人合一最重要的体现也是合于"气"。《素问·六微旨大论》提出"气交"的概念："言天者求之本，言地者求之位，言人者求之气交。曰：何谓气交？曰：上下之位，气交之中，人之居也。"求之本，求之位，求之气交皆指求气之本。天地人三者是一气分布到不同领域的结果，因而是可以认知和掌握的。"天枢之上，天气主之；天枢之下，地气主之；气交之分，人气从之，万物由之。"（同上）即，人与万物，生于天地气交之中，人气从之则生长壮老已，万物从之则生长化收藏。人虽有自身特殊的运动方式，但其基本形式--升降出入、阖辟往来，是与天地万物相同、相通的。
　　气交的产生是因为地之寒热与天之阴阳之节气相差三节。按理说，一年中冬至日为阴之极，应该气候最冷，夏至日为阳之极，应该气候最热，故天之太阳为夏至，天之太阴为冬至。但事实上大地有一个白天吸热，夜间散热的过程，所以冬至之后经小寒、大寒、立春三节气达到积寒的高峰，即地之最寒冷在冬至后三节气，立春一到，气候便开始温暖，此三节之差，张介宾十分重视，其《类经图翼》云："然一岁之气始于子，四季之春始于寅者，何也？盖以建子之日，阳气虽始于黄钟，然犹潜伏地下，未见生化之功及其自丑转寅，三阳始备，于是和风至而万物生，……故阳虽始于子而春必起于寅。"即天之温起于子，而地之温却始于寅，天地之气相差三节。由于气交相差三节，便产生了天地之气的"升降沉浮"、"气交易位"等变化。
　　所谓"气交易位"是指气候的太过和不及而导致气交的位置发生移动，由于阴阳之气与寒热之气相差三节，"时有定位，气无必至"，即一年四季二十四节气有一定的次序和时位，温热寒凉的秩序是不会错的，但，气有未至而至，至而不至的现象却是经常发生的。
　　3、 天地同律
　　天地同律也就是时空合一。律学本属于声学，由于古代天文学在制定历法过程中需要数学运算，便借用律数来完成这一过程，而产生了律与历的结合。律历一体思想首先是与古代气论紧密相关的，反过来又促进了《黄帝内经》对"气"的规律性研究和人体生命节律的研究。
　　 ⑴ 音律与天之气相应
　　《史记·律书》，其中说道："王者制事立法，物度轨则，壹禀于六律，六律为万事根本焉"。古代以"同类相动"理论推想互相感动的事物之间通过气传递着它们的相互作用，从而把律吕与"气"密切联系起来。汉代有"候气之法"，据《后汉书·律历志》记载，在一个密闭的室内，把端部塞上葭莩灰的律管按一定的方位加以布置注意观察就可以看到，每到一定的节气，与该气相应的那支律管中的灰就回逸出[2]。这种把律管的长短和天地之气联系起来的实验，对我们理解五气、五藏与五音相应等问题至关重要。就这样，人们把不同音频的乐音同一年中的不同时令，同该时令的气候、物候联系起来。所谓二十四节气、七十二候不过是天"气"在一个回归年中有二十四种或七十二种表现，同时造成了不同季节中声色味的不同。因此，五音、十二律可以说是关于"气"的量化的另一种表达。
　　十二律的名称表示着"气"在不同时期的不同表现和不同作用。如：
　　黄钟：黄者，中之色，钟者，种也。…阳气施种于黄泉，孳萌万物，为六气元也。（《汉书·律历志》）
　　南吕者，言阳气之旅入藏也。 （《史记·律书》）
　　蕤宾者，言阳始导阴气使继养物也。 （《汉书·律历志》）
　　夹钟者，言阴夹助太簇，宣四方之气而出物种也。 （《汉书·律历志》）
　　 ⑵ 时间周期（历）与天地之气的运动相应
　　古人早就发现，地球特有的时间周期与地球在太阳系的特定位置相关，如昼夜、24节气、四季、年等。昼夜是地球自转的周期。年是地球绕太阳公转的周期。节气和四季的变化是由地轴与公转轨道的夹角造成的。这些时间节律的背后，是地球所受太阳能量辐射的周期性改变，人的生命节律也是由地球的这种特性造成的。因此，天地四时之气的运动变化有着相动一致的特性，人体生理功能节律也随天地四时之气运动变化而改变。
　　由此，《黄帝内经》依据天地同律的原则创建了的独特的"五运六气"历。这种历法特别注意气候变化、人体生理现象与时间周期的关系，是《内经》学术中时空合一理念的集中表达，从非常广泛的时空角度反映了天地人之统一，反映了人与天之间存在着随应而动和制天而用的统一。
　　就一年四时而言，"春生、夏长、秋收、冬藏，是气之常也。人亦应之。"（《灵枢·顺气一日分为四时》）人的生理功能活动随春夏秋冬四季的变更而发生生长收藏的相应变化。
　　就一年十二月而言，"正月二月，天气始言，地气始发，人气在肝。三月四月，天气正方，地气定发，人气在脾。五月六月，天气盛，地气高，人气在头。七月八月，阴气始杀，人气在肺。九月十月，阴气始冰，地气始闭，人气在心。十一月十二月，冰复，地气合，人气在肾。"（《素问·诊要经终论》）随着月份的推移，人气在不同部位发挥作用。
　　就一日而言，"阳气者，一日而主外，平旦人气生，日中而阳气隆，日西而阳气已虚，气门乃闭。"（《素问·生气通天论》）随着自然界阳气的消长变化，人体的阳气发生相应的改变。
二、 天人合一的医学内涵
　　《内经》天地人系统中的人与天相通的总原则是：同气相求，同类相应。顺则为利，逆则为害。《淮南子·精神训》曰："天地运而相通，万物总而为一"。"运而相通"指运动过程中的相通关系，而不是静态空间里的结构联系。"总而为一"指运动方式的同气相求，而不是物质结构的等量齐观。
　　即，天人合一的医学内涵主要是指人作为"小宇宙"是如何与天地这个大宇宙相应的，其中，人天同构是《内经》天人合一观的最粗浅的层次，人天同象与同类则是中医取象比类思想的具体体现，人天同数则是人与天气运数理的相应。总之，这是将生命过程及其运动方式与自然规律进行类比，是以自然法则为基质，以人事法则为归宿的系统理论。
　　1、 人天同构
　　人天同构是《内经》天人合一观的最粗浅的层面。《内经》认为人的身体结构体现了天地的结构。
　　例如《灵枢·邪客》说："天圆地方，人头圆足方以应之。天有日月，人有两目。地有九州，人有九窍。天有风雨，人有喜怒。天有雷电，人有音声。天有四时，人有四肢。天有五音，人有五藏。天有六律，人有六府。天有冬夏，人有寒热。天有十日，人有手十指。辰有十二，人有足十指、茎、垂以应之；女子不足二节，以抱人形。天有阴阳，人有夫妻。岁有三百六十五日，人有三百六十节。地有高山，人有肩膝。地有深谷，人有腋腘。地有十二经水，人有十二经脉。地有泉脉，人有卫气。地有草蓂，人有毫毛。天有昼夜，人有卧起。天有列星，人有牙齿。地有小山，人有小节。地有山石，人有高骨。地有林木，人有募筋。地有聚邑，人有蜠肉。岁有十二月，人有十二节。地有四时不生草，人有无子。此人与天地相应者也。"
　　这里把人体形态结构与天地万物一一对应起来。人体的结构可以在自然界中找到相对应的东西，人体仿佛是天地的缩影。其目的在于强调人的存在与自然存在的统一性。
　　2、人天同类
　　我们知道，大谈天人、古今，并寻求其中相通而互感的共同律则，是汉代的时代精神。《汉书·董仲舒传》曰："天人之征，古今之道也。孔子作春秋，上揆之天道，下质诸人情，参之于古，考之于今。"《素问·气交变大论》曰："善言天者，必应于人。善言古者，必验于今。善言气者，必彰于物。善言应者，因天地之化。善言化言变者，通神明之理。"
　　在中国古代哲学中，天人与古今总连在一起，这种把自然哲学与历史哲学混合起来的现象，是中国哲学的重要特点。
　　但《内经》所强调的人天同类与董仲舒辈的神秘的天人感应不尽相同。《素问·金匮真言论》、《素问·阴阳应象大论》等篇中的五行归类，是根于事物内在的运动方式、状态或显象的同一性。如《素问·金匮真言论》曰："东方青色，入通于肝，开窍于目……其应四时，上为岁星……其臭臊。"是将在天的方位、季节、气候、星宿、生成数，在地的品类、五谷、五畜、五音、五色、五味、五臭，在人的五藏、五声、五志、病变、病位等进行五行归类，这样就可以通过类别之间"象"的普遍联系，来识别同类运动方式的共同特征及其相互作用规律。是"同气相求"，而不是物质结构的等量齐观。
　　另，《灵枢·通天》还以阴阳为原则将人分为太阴、少阴、太阳、少阳、阴阳和平五类，认为太阴之人"多阴而无阳"，少阴之人"多阴少阳"，太阳之人"多阳而少阴"，少阳之人"多阳少阴"，阴阳和平之人"阴阳之气和"。这种将先天阴阳之"气"作为人性的基础，是先秦诸子人性论所未涉及的。作为医学著作，《内经》并不太关注人性的社会性以及人性是否可以改变等问题，而是以气论人性，从先天生理因素寻找人性的根据，关注五态之人的发病及其治法，为养生治疗提供理论指导。
　　3、人天同象
　　从"天人合一"观念出发的传统文化与中医学都表现为重道、重神、重无、重和谐、重势，其核心则是"象"与"数"，如果对"象数"无知，则意味着对华夏文明的无知，更不能全面地理解和诠释中医学。[3]
　　所谓"象"，指的是经验的形象化和系统化。"象"的特征是动态的，不是单纯地模仿其形，而是模仿其变。象还是全息的，万事万物息息相关。就《内经》而言，藏象系统就是通过生命活动之象的变化和取象比类的方法说明五藏之间以及与其他生命活动方式之间的相互联系和相互作用规律的理论。
　　其中，"象"又分为法象、气象、形象。"法象莫大乎天地"（《周易》），举例言，"阳中之太阳，通于夏气"（《素问·六节藏象论》），为法象；阴阳四时，"其华在面"（同上），为所见气象；"其充在血脉"（同上）为所见形象。藏象理论作为《内经》理论最为重要的理论基础之一，是将五藏联系六腑、五官、五体、五志、五声、五情，以五行理论进行阐释的五大"象"的系统，并完全表现为一种天人合一的综合功能。"这是一种自觉的而不是自发的努力，旨在指出人体内部与人体外部都是按照"阴阳五行"这一基本法则统一、整合起来的。" [4]由此可以看出，藏象是一个含有哲学与科学双重意义的概念。
　　总之，《内经》中关于人天同象的描述旨在通过已知的自然现象推知隐藏的内藏功能。如借助对天动地静的认识，以象天动的胃、大肠、小肠、三焦、膀胱为腑，主泻而不藏；以象地静的心、肝、脾、肺、肾为藏，主藏而不泻。
　　4、 人天同数
　　象与数的关系正如《左传》言："物生而后有象，象而后有滋，滋而后有数。"《内经》认为生命运动与自然一样，有理、有象、有数。通过取象比类，可知气运数理。《素问·六节藏象论》先论数理，后论藏象，深意寓在其中。
　　"数"是形象和象征符号的关系化，以及在时空位置上的排列化、应用化和实用化。它不同于西方的数学概念，不是描述空间形式和数量关系，而是以取象比类的方式描述时间方式和运动关系。
　　《内经》中的藏象理论则以五元序列来表现。自然界以四时阴阳为核心，四时阴阳涵概了五方、五气、五味等自然因素以及它们之间的类属、调控关系；人体以五藏阴阳为核心，五藏阴阳涵概了五体、五官、五脉、五志、五病等形体、生理、病理各因素及它们之间的类属、调控关系。自然界的四时阴阳与人体的五藏阴阳相互收受、通应，共同遵循阴阳五行的对待协调、生克制化的法则。
　　因此，人天同数是《内经》把时间的周期性和空间的秩序性有机地结合观念的体现。强调人体自然节律是与天文、气象密切相关的生理、病理节律，故有气运节律、昼夜节律、月节律和周年节律等。其基本推论是以一周年（四季）为一个完整的周期，四季有时、有位，有五行生克，因此，以一年分四时，则肝主春、心主夏、肺主秋、肾主冬……。月节律则与该月相和所应之藏在一年之中的"当旺"季节相关。其昼夜节律也是将一日按四时分段，指人体五藏之气在一天之中随昼夜节律而依次转移，则肝主晨，心主日中，肺主日入，肾主夜半。（见《素问·藏气法时论》）
　　实质上，"人身小宇宙"在《内经》中绝非泛泛而谈，《内经》认为人体与宇宙之间存在着某种数理上的一致性。如《内经》论述人体呼吸完全与太阳的运行联系起来，将呼吸与天地相通、气脉与寒暑昼夜相运旋的规律，与太阳的周日运行规律联系起来。如，《灵枢·五十营》将人体气血运行与日行28宿直接挂钩，认为太阳一昼夜环行28宿一周，人体气血运行人体50周（白天25周、夜晚25周），如此太阳每行一宿，血气行身1、8周，人一呼一吸为一息，气行6寸，270息，气行16丈2尺，即行人体之一周。由此再进一步，太阳每行一宿，（此指28宿均匀分布的一宿，实际上28宿不是等长的），人呼吸486息，据此推算人一昼夜有13500息。《平人气象论篇》曰："人一呼脉再动，一吸脉亦再动，呼吸定息脉五动，闰以太息，命曰平人。平人者，不病也。"即平常人一息，脉跳动五次，一次脉的跳动，气行1寸2分。如此用气运行的长度表示脉博的频率，从而表示一种时间周期。这种以大气贯通一切为基点而形成的人体与宇宙的相互模拟，在《内经》理论中比比皆是，强调了天人一致的内在本质。
　　总的来说，《内经》的天人之间的取象类比，是超逻辑、超概念的心领神会的类比。比如五行作为一个大象，它在《内经》中的成功，就不是物理学家的概括，而是哲人对世界的感觉分类，是哲人对世界上的物质及其性情的感觉分类,是"同气相求"，而不是物质结构的等量齐观。而感觉的相似、感觉的类同、感觉的相通，必然有着深刻的生理学、心理学乃至物理学的意义。这种"天人合一"的直观生命的体验，是我们领会《内经》文字的真正出发点。[5]
　　事实上，现代物理学已充分体会到这种思维方式的可贵性，正如卡普拉在《物理学之道》中言：量子论和相对论是现代物理学的两大支柱，它们说明了原子和亚原子的实在超越了经典的逻辑，我们无法用日常的语言来描述它，而东方神秘主义并不顾忌对逻辑概念的超越，这就是为什么对于构成近代物理学的哲学背景来说，东方哲学关于实在的模型，要比西方哲学的模型更为适当的主要原因。